A obra havia sido interrompida por uma decisão do Tribunal de Justiça do Distrito Federal e Territórios (TJ-DFT), atendendo a um pedido da Associação Brasileira de Ateus e Agnósticos (ATEA), que considera que o uso de recursos públicos na obra fere o conceito de Estado laico.
O governo do DF decidiu recorrer da decisão ao STJ pois entende que o museu não é um templo religioso, e sim, uma edificação que abrigará uma instituição de cunho cultural e educativo sobre uma das principais características da civilização ocidental e do Brasil.